BioPharE accueil chercheur d'emploi > Les formations > Catalogue

Protéomique

Description

Un ensemble de modules pour débuter ou se perfectionner en protéomique :

  •  Initiation théorique et pratique à la technique SDS-PAGE :  Apprendre à appliquer correctement un protocole de SDS-PAGE (PolyAcrylamide Gel Electrophoresis), en percevoir les difficultés et comprendre les intérêts de cette technique.
  • L’ABC du séquençage et de l’identification de peptides et de protéines par la spectrométrie de masse : Comprendre les principes de base de la spectrométrie de masse et avoir un bon aperçu des potentialités et applications de cette technique dans les domaines des biotechnologies et du biomédical.
  • Initiation pratique à la spectrométrie de masse en tandem : Exécuter, de A à Z (de la préparation des échantillons à l’analyse des résultats), un protocole de spectrométrie de masse en tandem sur des échantillons protéiques simples (protéine pure) et complexes (mélange protéique).
  • Initiation théorique et pratique à la technique SDS-PAGE
  • La Chromatographie Liquide appliquée à la Détection par Spectrométrie de Masse
  • Caractérisation de la glycobiologie des protéine (y compris dans les produits biopharmaceutiques innovants)

 

 

 

Durée:

1 jour

Public

  • Responsables de projets, techniciens, technologues, chercheurs, étudiants … du secteur biotechnologique
  • Enseignants des Hautes Ecoles

L'ABC du séquençage et de l'identification de peptides et de protéines par la spectrométrie de masse

Compétences développées

Comprendre les principes de base de la spectrométrie de masse et avoir un bon aperçu des informations qui peuvent en être retirées.

Objectifs de la formation

Comprendre les principes de base de la spectrométrie de masse et avoir un bon aperçu des informations qui peuvent en être retirées.

Contenu & programme
  • Le principe de la spectrométrie de masse
  • Les différentes sources d’ionisation
  • Les différents types d’analyseurs
  • Les informations obtenues (identification des protéines, quantification des protéines,…)
  • Les applications dans les domaines des biotechnologies et du biomédical
Méthode pédagogique

100% théorie

Pré-requis

Bonnes connaissances de base sur les protéines (biochimie, structure, propriétés physicochimiques…)

La Chromatographie Liquide appliquée à la Détection par Spectrométrie de Masse

Compétences développées

Comprendre les techniques séparatives par chromatographie liquide qui peuvent être appliquées à l’analyse par spectrométrie de masse de haute et basse résolution.

Maîtriser ces techniques et éviter les pièges qui conduisent à une mauvaise détection en spectrométrie de masse.

Adapter sa méthode chromatographique au contexte analytique.

Objectifs de la formation

Comprendre les techniques séparatives par chromatographie liquide qui peuvent être appliquées à l’analyse par spectrométrie de masse de haute et basse résolution.

Maîtriser ces techniques et éviter les pièges qui conduisent à une mauvaise détection en spectrométrie de masse.

Adapter sa méthode chromatographique au contexte analytique.

Contenu & programme
  • Théorie sur la chromatographie liquide (appareillage, paramètres critiques, résolution, facteur de symétrie...).
  • Définir le choix de sa méthode chromatographique au cas par cas (chimie des colonnes, phases mobiles, séparation à 1 ou 2 dimensions).
  • Adapter la préparation d’échantillon à son analyse.
  • Adapter son système chromatographique à la spectrométrie de masse.
  • Etude de cas concrets
Méthode pédagogique

40% théorie - 50% pratique - 10% traitement des données

Pré-requis

- Bonnes connaissances de base en chimie. - Bonnes connaissances de la spectrométrie de masse ou avoir suivi le module introductif « L’ABC du séquençage et de l’identification de peptides et de protéines par la spectrométrie de masse ».

Initiation pratique à la spectrométrie de masse en tandem (1,5 jour)

Compétences développées

Permettre aux personnes n’ayant pas/peu d’expérience pratique en spectrométrie de masse d’exécuter, de A à Z (de la préparation des échantillons à l’analyse des résultats), un protocole de spectrométrie de masse en tandem sur des échantillons protéiques simples (protéine pure) et complexes (mélange protéique).

Objectifs de la formation

Permettre aux personnes n’ayant pas/peu d’expérience pratique en spectrométrie de masse d’exécuter, de A à Z (de la préparation des échantillons à l’analyse des résultats), un protocole de spectrométrie de masse en tandem sur des échantillons protéiques simples (protéine pure) et complexes (mélange protéique).

Contenu & programme

Jour 1:

  • Préparation/pré-traitement des échantillons protéiques (digestion à l’aide de protéase…)
  • Introduction à l’acquisition des données en mode dépendant (MS-MS/MS) - démonstration
  • Analyse des échantillons (protéine pure et mélange protéique) par spectrométrie de masse en tandem: Séparation des peptides par UPLC - couplage de l’UPLC avec le spectromètre de masse et automatisation des analyses - analyse en ligne des peptides élués par spectrométrie de masse en tandem (Q-ToF et Ion Trap) 

 Jour 2:

  • Analyse des spectres de fragmentation obtenus (séquençage de novo)
  • Analyses bioinformatiques afin d’identifier une protéine à partir des spectres de fragmentation obtenus - discussion critique des résultats obtenus
  • Identification de protéines à partir d’un mélange simple ET à partir d’un mélange complexe - discussion critique des résultats obtenus
Méthode pédagogique

30% pratique - 20% démonstrations/visite labos - 50% analyses de données/discussions 

Pré-requis

Connaissances de base sur la spectrométrie de masse et l’HPLC/UPLC ou avoir suivi les modules « L’ABC du séquençage et de l’identification de peptides et de protéines par la spectrométrie de masse» et « La chromatographie liquide appliquée à la détection par spectrométrie de masse ».

Caractérisation de la glycobiologie des protéines (y compris dans les produits biopharmaceutiques innovants)

Compétences développées

Comprendre les techniques d’analyse par spectrométrie de masse haute résolution couplée à la chromatographie liquide pour la caractérisation optimale d’une glycoprotéine

Objectifs de la formation

Comprendre les techniques d’analyse par spectrométrie de masse haute résolution couplée à la chromatographie liquide pour la caractérisation optimale d’une glycoprotéine

Contenu & programme
  • Origine, propriétés et structures des glycanes et glycoprotéines.
  • Impact de la glycobiologie sur l’activité biologique d’une glycoprotéine (ex: activité enzymatique, réponse d’un anticorps...).
  • Méthodes de caractérisation des glycopeptides et des glycanes (macro- et microhétérogénéité) par spectrométrie de masse couplée à la chromatographie liquide (LC-MS).
  • Protocole de préparation et d’analyse LC-MS.
Méthode pédagogique

20% théorie - 50% pratique - 30% traitement des données

Pré-requis

- Bonnes connaissances de base des protéines (biochimie, structure, propriétés physicochimiques...) et de la glycobiologie. - Bonnes connaissances de la spectrométrie de masse appliquée à la protéomique ou avoir suivi les modules introductifs (« L’ABC du séquençage et de l’identification de peptides et de protéines par la spectrométrie de masse ») et pratiques (« La chromatographie liquide appliquée à la détection par spectrométrie de masse » et « Initiation pratique à la spectrométrie de masse en tandem»)