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Imagerie

Description

  • Compréhension des techniques de microscopie et d’imagerie moléculaires et illustration de leurs potentialités d’application dans le domaine biomédical préclinique
  • Comprendre les bases théoriques de la microscopie optique à fluorescence, en champ large et confocale
  • Acquérir les bases nécessaires à la conception d’un protocole de marquage cellulaire et d’acquisition d’image adapté à ses besoins
  • S’initier à l’utilisation pratique d’un microscope confocal, pour l’acquisition d’images 2D et de z-stacks

Durée:

1 jour

Public

Professionnels du secteur biotechnologique et biomédical : responsables de projets, techniciens, technologues, chercheurs, étudiants, enseignants des Hautes Ecoles,…

Focus sur la microscopie à fluorescence (champ large et confocale) (2 jours)

Compétences développées
  • Comprendre les bases théoriques de la microscopie optique à fluorescence, en champ large et confocale
  • Acquérir les bases nécessaires à la conception d’un protocole de marquage cellulaire et d’acquisition d’image adapté à ses besoins
  • S’initier à l’utilisation pratique d’un microscope confocal, pour l’acquisition d’images 2D et de z-stacks
Objectifs de la formation
  • Comprendre les bases théoriques de la microscopie optique à fluorescence, en champ large et confocale
  • Acquérir les bases nécessaires à la conception d’un protocole de marquage cellulaire et d’acquisition d’image adapté à ses besoins
  • S’initier à l’utilisation pratique d’un microscope confocal,  pour l’acquisition d’images 2D et de z-stacks
Contenu & programme

Aspects théoriques

  • Principe de la microscopie optique
  • Microscopie en transmission et microscopie de fluorescence
  • Microscopes en champ large et microscopes confocaux
  • Exemples d’applications (FRAP, FRET,…)

Aspects techniques

  • Les différentes parties du microscope :
       - Objectifs, ouverture numérique, grossissement et résolution
       - Sources lumineuses
       - Filtres, dichroïques, prismes et obturateurs…
       - Détecteurs et caméras
  • Notions de « spectral unmixing »
  • L’image numérique : résolution, profondeur, formats, binning,…
  • Préparation des échantillons fixés et pour le « live imaging »

Aspects pratiques

  • Entretien quotidien du microscope
  • Réglages de base (oculaires, condenseur et diaphragme)
  • Acquisition d’images 2D multicanaux
  • Acquisition de z-stack, déconvolution, reconstruction 3D
  • Optimisation de l’affichage des images (luminosité, contraste)

Questions-réponses en présence d’experts (possibilité d’apporter ses propres échantillons)

Méthode pédagogique

30% théorie – 70% démonstrations

Pré-requis

Connaissances de base en sciences

Bioimage analysis for beginners (formation donnée en français)

Compétences développées
  • Learn methods and concepts in image processing and analysis
  • Discover ImageJ and learn how to use it, from the basics to macro coding


The course focusses on the processing and analysis of fluorescence microscopy images but the concepts learned may be applied to any other imaging technique.

Objectifs de la formation
  • Learn methods and concepts in image processing and analysis
  • Discover ImageJ and learn how to use it, from the basics to macro coding


The course focusses on the processing and analysis of fluorescence microscopy images but the concepts learned may be applied to any other imaging technique.

 

Contenu & programme
  • Start off on the right foot – a reminder on important parameters when acquiring microscopy images
  • Basic methods and concepts in image processing, including:
  1. histogram adjustment
  2. denoising
  3. filtering
  4. registration
  • Methods and concepts in image analysis, including:
  1. Segmentation
  2. object tracking in image series
  3. colocalization of stainings and objects
  • ImageJ, from the basics to macro coding
  • Overview of other softwares useful for microscopy image analysis

 

 

Méthode pédagogique

40% theory – 60% demonstration and exercises
Participants are encouraged to bring images and to share about their own challenges in image analysis.

Pré-requis

Basic knowledge in sciences Familiarity with the acquisition/use of numerical images