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Next-Generation Sequencing (NGS)

Description

Le séquençage traditionnel de l’ADN (Sanger) a longtemps été la méthode de séquençage la plus répandue. Elle cible des régions limitées du génome et, après avoir été automatisée, a été qualifiée de technologie de séquençage de 1ère génération. Les méthodes plus récentes et celles qui continuent d’être élaborées sont qualifiées de technologies de séquençage de nouvelle génération (NGS). Elles se fondent sur un séquençage d’ADN à très grande échelle, donnant lieu à des millions de séquences à la fois. 

Ce cycle de formation donne un bon aperçu de ce que sont ces nouvelles techniques de séquençage et leurs potentialités, mais épingle également les nouveaux défis qu’elles entraînent.

 

Durée:

1 jour

Public

Professionnels du secteur biotechnologique et biomédical :

  • Responsables de projets, techniciens, doctorants, étudiants 
  • Professeurs de Haute Ecole 
  • Médecins et personnel médical
  • ... 

Ou toute personne, scientifique mais non spécialiste, désireuse de découvrir les techniques de séquençage

Introduction aux nouvelles techniques de séquençage de l'ADN (NGS)

Compétences développées

Etat de l’art des nouvelles techniques de séquençage de l’ADN (2ème et 3ème génération) et aperçu des nombreuses applications possibles dans les domaines des biotechnologies et du biomédical.

Objectifs de la formation

Etat de l’art des nouvelles techniques de séquençage de l’ADN (2ème et 3ème génération) et aperçu des nombreuses applications possibles dans les domaines des biotechnologies et du biomédical.

Contenu & programme
  • Historique du séquençage de l’ADN : de Sanger au NGS (Next-Generation Sequencing)
  • Description des technologies et plateformes de séquençage d’ADN disponibles aujourd’hui et techniques dérivées (ChIP-seq, RNA-seq, …). Quelles sont leurs potentialités ? Quelles sont leurs forces et leurs faiblesses ?
  • Etat des lieux général des applications dans les domaines des biotechnologies et du biomédical
  • Visite de laboratoires de NGS et démonstrations
Méthode pédagogique

90% théorie —10% démonstrations/visite labos

Pré-requis

Connaissances de base en biologie moléculaire ou avoir suivi le module « Aperçu de quelques outils et techniques de biologie moléculaire appliqués aux acides nucléiques »

Les préparations de librairies NGS

Compétences développées

L’étape de préparation des librairies dans le processus de séquençage par NGS est une étape importante pour obtenir un résultat optimal. Durant cette formation, les grandes approches de construction de librairies seront détaillées par des professionnels à l’aide d’exemples concrets d’applications dans le domaine clinique.

Objectifs de la formation

L’étape de préparation des librairies dans le processus de séquençage par NGS est une étape importante pour obtenir un résultat optimal. Durant cette formation, les grandes approches de construction de librairies seront détaillées par des professionnels à l’aide d’exemples concrets d’applications dans le domaine clinique.

Contenu & programme

Les grandes approches de construction de librairies NGS expliquées par des professionnels via différents exemples cliniques:

  • Construction de librairies à partir du génome entier pour le diagnostic prénatal non-invasif (NIPT)
  • Construction de librairies par capture pour le diagnostic constitutionnel
  • Construction de librairies par amplification pour le diagnostic oncologique
Méthode pédagogique

100% théorie

Pré-requis

Connaissances de base des NGS ou avoir suivi le module «Introduction aux nouvelles techniques de séquençage de l’ADN (NGS) »

Les clés pour réussir et interpréter vos analyses NGS

Compétences développées

Comment aborder de manière optimale, sans être bio-informaticien, une analyse en Next-Generation Sequencing (NGS) ?

  • A quoi faut-il penser avant de commencer ?
  • Comment interpréter correctement les résultats obtenus ?
Objectifs de la formation

Comment aborder de manière optimale, sans être bio-informaticien, une analyse en Next-Generation Sequencing (NGS) ?

  • A quoi faut-il penser avant de commencer ?
  • Comment interpréter correctement les résultats obtenus ?
Contenu & programme

A travers des cas concrets, donner les clés nécessaires pour être capable d’exploiter et de valoriser des données NGS.

  • Types d’échantillons (avantages et inconvénients en fonction des xpériences et comment éviter les problèmes ou les détecter ?)
  • Comment concevoir son expérience (DNA-seq, RNA-seq, ChIP-seq…) en fonction des questions que l’on se pose, bien choisir le type de séquençage et la technologie vs coûts ?
  • Quels sont les fichiers qu’on reçoit en output, définition et comment les analyser et ce incluant les QCs ?
  • Comment aller plus loin ?
  • Visualisation et validation de raw data issues du NGS (utilisation du logiciel IGV-Broad Institute)
  • Partie pratique : choisir des fichiers associés à des expériences différentes et comment les visualiser avec des outils de biologistes ou de médecins ? Ceux qui veulent aller plus loin dans l’analyse se dirigeront vers nos modules de formation « Big data mining in Life Sciences» (DM-1.1, DM-2.1)
Méthode pédagogique

50% théorie — 50% pratique

Pré-requis

Bonne connaissance des différentes plateformes de NGS (454, Illumina, Ion Torrent,…) ou avoir suivi le module « Introduction aux nouvelles techniques de séquençage de l’ADN (NGS) »